CLM et CLD : ce qui change en 2026

Rappel : ce qui ne change pas

Le supplément familial de traitement et l'indemnité de résidence restent versés en totalité, y compris pendant la période à demi-traitement. La baisse de l'indemnisation à 90 % du traitement, prévue par le décret n° 2025-197 du 27 février 2025, ne s'applique qu'au congé de maladie ordinaire depuis le 1^er mars 2025. Le plein traitement du CLM et du CLD reste versé à 100 %.

Ce qui change : le comparatif

Le détail des nouvelles règles

Des périodes plus souples

Le CLM et le CLD étaient jusqu'ici accordés ou renouvelés par périodes de trois à six mois. Le plafond de six mois demeure, mais le plancher de trois mois disparaît. L'autorité territoriale peut donc accorder une période plus courte lorsque la prescription médicale le justifie, par exemple pour faire coïncider la fin du congé avec une reprise, éventuellement à temps partiel thérapeutique.

Moins de saisines du conseil médical

L'octroi initial d'un CLM ou d'un CLD continue de relever de l'avis du conseil médical en formation restreinte. En revanche, le décret supprime la saisine de ce conseil pour le renouvellement qui intervient à l'épuisement de la période rémunérée à plein traitement, c'est-à-dire au passage au demi-traitement. L'employeur conserve la possibilité de faire examiner l'agent par un médecin agréé. L'objectif affiché est de désengorger des conseils médicaux dont les délais retardent les décisions, au détriment des agents comme des employeurs.

Autre évolution : lorsque l'avis du conseil médical en formation restreinte concorde avec les conclusions du médecin agréé, il ne peut plus être contesté devant le conseil médical supérieur. Le recours contentieux devant le tribunal administratif reste ouvert contre la décision de l'employeur.

Des contrôles pendant le congé

Depuis le 1^er septembre 2026, l'autorité territoriale peut faire vérifier la présence de l'agent en CMO, CLM, CLD ou CITIS à son domicile ou sur son lieu de repos :

• à tout moment lorsque les sorties sont interdites ;
• entre 9 h et 11 h et entre 14 h et 16 h lorsque les sorties sont autorisées sans être libres, sauf soins ou examens médicaux.

En cas de refus du contrôle ou d'absence injustifiée, le versement de la rémunération est interrompu jusqu'à la fin de l'arrêt. Ces jours continuent de s'imputer sur les droits à congé. L'obligation de cesser toute activité rémunérée, qui s'imposait déjà en CLM et en CLD, est par ailleurs étendue au congé de maladie ordinaire.

Préparer le retour : formation et télémédecine

Avec l'avis favorable d'un médecin agréé, l'agent en CLM ou en CLD peut demander à suivre une formation ou un bilan de compétences, en vue d'une réadaptation ou d'une reconversion. L'employeur dispose de 30 jours pour répondre. Depuis le 1^er août 2026, les examens par le médecin agréé peuvent aussi être réalisés à distance, dans les conditions de la télémédecine.

Enfin, à compter du 1^er janvier 2028, pour tout arrêt de plus de 30 jours, le médecin agréé pourra solliciter le médecin du travail afin de préparer les conditions de la reprise ; l'agent pourra se faire assister de la personne de son choix.

Une précision pour la territoriale : pas d'indemnité d'attente

Le décret crée une indemnité d'attente pour l'agent qui a épuisé ses droits à congé de maladie ordinaire et attend la décision sur sa demande de CLM ou de CLD. Elle est réservée à la fonction publique de l'État. Dans la territoriale, l'agent qui a épuisé ses droits à CMO conserve son demi-traitement jusqu'à la décision qui le concerne, puis, si le CLM ou le CLD est accordé rétroactivement, sa situation est régularisée.

Un exemple

Une rédactrice est en CLM depuis le 1^er octobre 2025. Sa période à plein traitement prend fin le 30 septembre 2026. Avant la réforme, son passage au demi-traitement, le 1^er octobre 2026, aurait imposé une nouvelle saisine du conseil médical. Désormais, la collectivité renouvelle le congé sur la base du certificat médical, et peut décider de faire examiner l'agente par un médecin agréé, le cas échéant à distance. Elle peut aussi, si le médecin traitant le prescrit, accorder une période de deux mois seulement, avant une reprise à temps partiel thérapeutique.

Conseil pratique aux services RH : revoyez vos calendriers de saisine du conseil médical et vos modèles d'arrêtés de renouvellement ; mentionnez dans les courriers aux agents la possibilité de contrôle et les horaires de présence obligatoire.

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